まず、艦種ごとの変遷を確認します。これは、MSV設定とMSVコレクションファイル、0083設定を総合して整理したものです。

・計画立案時：宇宙空母（SCV)
・議会通過時：宇宙戦艦（SBB)
・計画実行時：宇宙空母（SCV)
・建造開始時：ペガサス級MS搭載強襲揚陸艦（LMSD)
・竣工時：ホワイトベース級宇宙攻撃空母（SCV)
・戦後：ペガサス級強襲揚陸艦（MSC)

　このうち、SBBの番号は議会通過時のいわば偽装番号のようなものなので、考察からは省略します。
　また、MSV設定ではLMSDからまたSCVに戻されたと解釈できる設定があり、実際SCVナンバーは大戦末期まで残っていましたが、一方のLMSDナンバーもアルビオンまで振られていることから、一年戦争中はSCVナンバーとLMSDナンバーが並存していたと考えられます。
　戦後はMSCナンバーで統一されたものと思われますが、設定自体がほとんどないため詳細は不明です。


（１）SCVナンバー
　まず、当初からのナンバーであり、一番大変そうなSCVナンバーから考えてみます。このSCVナンバーは、SCV-X計画として立案された宇宙空母の開発計画から始まっています（空母ということは、この時点で戦艦ではなく宇宙戦闘機を主力兵器として運用するプランがあったということですね…）。この計画は幾多の変更を重ね、最終的にSCV-27A計画という形で実行されることになります。その間に、一時的に宇宙戦艦であるということにして議会を通過しています。
　この計画は、まず3隻を建造するという形で起工され、SCV-69ペガサス、SCV-70ホワイトベース、SCV-71ホワイトベースJr.の３隻がジャブローで建造されることになりました。が、ペガサス建造中に問題点が発覚し、その修正のために先にホワイトベースが完成し、慣例にのっとって最初に竣工したホワイトベースがネームシップとなることになりました。これが、ホワイトベース級宇宙攻撃空母1番艦の完成です。その後のホワイトベースの戦歴は、語るまでも無いでしょう。
　またペガサスが2番艦、ホワイトベースJr.が3番艦として完成し、前者は終戦直前にルナツー艦隊に配備されていたこと、後者は終戦直前に竣工し（スピリッツジオンではジャブローにいる同艦を攻撃することになります。竣工が終戦直前になってしまったのはそのせいかもしれません）、戦後ホワイトベース二世として初代ホワイトベースのクルーにより運用されたとされています。
　その後、SCV-73ブランリヴァルという艦があるのですが、SCV-72という艦は今のところ設定が存在していません。ブランリヴァルは5番艦なのですが、それが「ホワイトベース級」なのか「ペガサス級」なのかちょっとわかりません。ザ・ライド行った時はそういうの全然気にしてなかったからな…。確実な情報をお持ちの方がいれば、教えていただけると有難いです。
　ちなみにこのSCV-73ブランリヴァルは、マドロックを搭載して星一号作戦に参加する予定だったものと思われますが、ジャブローで闇夜のフェンリル隊の襲撃にあい、最終的にG-3ガンダムを搭載して星一号作戦に参加しています。

　なお、準同型艦であるSCVAナンバーの艦も建造されており、それぞれSCVA-72サラブレッド、SCVA-73トロイホース、SCVA-74（艦名不明）が準ホワイトベース級1番艦〜3番艦となっていますが、3番艦は建造が途中で中止されてホワイトベースに流用されています。1,2番艦は工期を早めて竣工しているため、SCV-71よりも先に完成し、星一号作戦に従事したことになっています。1番艦であるサラブレッドは、当初は後方で物資輸送等に携わったのみだったとされていましたが、近年ではガンダム4,5号機を搭載し、ア・バオア・クー戦に投入されたとされています。しかし最近新たに、実はグラナダ方面への囮艦隊として運用されていたのではないかという説が生まれ、混迷を極めております(笑）。
　ついでに言うと、1/144プロトタイプガンダムのインストでは、サラブレッドがホワイトベース級2番艦であったとしています。何かの間違いでしょう。
　また、アルビオンがSCVA-75であったという説があるのですが、ググると電撃ホビーマガジンのサイトしかソースっぽいものが出てこなかったりします。EXモデルにそういう記述があるのか、確認できません。ただこれが事実であるなら、SCVA-74はスタリオンだったことになります。アルビオンとスタリオンは、戦後建造中止になった後、連邦軍再建計画で再度建造開始されたという設定なので、戦時中の建造時にSCVAナンバーが振られていたと考えれば問題はありません。
　更にいうと、Wikipediaでは連邦軍所属の（つまりロンド・ベル編入後ということでしょう）ネェル・アーガマがSCVA-76であったとしているのですが、これはソース不明の捏造設定ですよねぇ？そもそもネェル・アーガマは宇宙戦艦だったような。ユニコーンでは巡洋艦ですし。SCVAではないですよね、ナンバーを振るにしても。

　なお、準ホワイトベース級は、MSV設定では事実上のホワイトベース級4番艦以降であるという解釈でした。しかしブランリヴァルの登場からそれは否定され、現在では「4番艦以降が準ホワイトベース級に変更→改めてホワイトベース級4番艦が建造される」という流れであったと解釈した方がいいのかな、と思います。

　以上、まとめると以下のようになります。

SCV-69　ペガサス（2番艦）
SCV-70　ホワイトベース（1番艦）
SCV-71　ホワイトベースJr.→ホワイトベース二世（3番艦）
SCV-72　設定なし（4番艦）
SCV-73　ブランリヴァル（5番艦）

SCVA-72　サラブレッド（準1番艦）
SCVA-73　トロイホース（準2番艦）
SCVA-74　名称不明（準3番艦）　※スタリオンと解釈可能？
SCVA-75　　　　　　　　　　　　　　 ※アルビオン？
SCVA-76　　　　　　　　　　　　　　 ※ネェル・アーガマ？（捏造疑惑）

（２）LMSDナンバー
　次に、一年戦争が始まりジオンのMSの威力を目の当たりにした連邦軍が、それまで宇宙空母だったホワイトベース級をRXモビルスーツ用強襲揚陸艦に艦種変更した際のナンバー。その後また宇宙空母に戻されたというのがMSV設定ですが、実際はこのナンバーが残っていたようで、LMSD-71がホワイトベース、76がグレイファントム、78がアルビオンであるとされています。
　こちらはホワイトベース級ではなく「ペガサス級」なのですが、これはMSVコレクションファイルを見る限り、竣工前に○番艦の順番が決まっていたようです。竣工順であるという慣例に従ったSCVナンバーとは違い、計画順か着工順あたりになっているあたりが、組織としての違いによるナンバリングだったのではないかと思わせますね。
　このナンバーは埋まっているのが71、76、78だけなのですが、とりあえずネームシップたるペガサスは存在するはずなので、70がペガサスであることはほぼ間違いありません。またアルビオンの一つ前であるスタリオンが77であることも容易に想像できます。残る72、73、75、76が何なのか、というのがわかりません。
　しかも、グレイファントムをペガサス級5番艦、アルビオンを7番艦としていながら、ナンバーではペガサスが70だったとするとグレイファントムはLMSD-74、アルビオンはLMSD-76と番号ずれていってしまいます。つまり、LMSDナンバーとペガサス級○番艦は一致していないことになるのです。
　そもそも、LMSD、つまりモビルスーツ搭載強襲揚陸艦は過去に1隻も存在していないものであるにも関わらず、いきなりホワイトベースが71になってしまっています。0071年を意味しているとも考えられませんし、SCVナンバーではホワイトベースが70となっているので、SCVナンバーをそのまま当てはめたわけでもなさそうです。とりあえずここはすぐに結論が出せないので、保留にして一旦次に進むことにします。

（３）MSCナンバー
　「MS WARS 機動戦士ガンダム0083」では、ペガサス級の順番を以下の通りとしています。

1番艦　ペガサス
2番艦　ホワイトベース
3番艦　ホワイトベースJr.（ホワイトベース二世）
4番艦　トロイホース
5番艦　グレイファントム
6番艦　スタリオン（戦時中は名称未定）
7番艦　アルビオン（戦時中は名称未定）

　1番艦、5番艦、7番艦の扱いはLMSDナンバーと同じであり、一見してLMSDナンバーを意味しているようにも思えますが、先に述べたとおりこの表のまま番号順に振るとグレイファントムはLMSD-74、アルビオンがLMSD-76となってしまいますので、この順番のままナンバーを振るとすれば、それはMSCナンバーしかないと考えられます。アルビオンが07ですし。戦後になって、わかりやすく整理できるように艦種番号と○番艦を同じにしてしまったということなのだと思います。
　というわけで、以降ペガサス級○番艦＝MSC-０○であると理解してください。

（４）統合
　さて、そうなると最後に残るのが、LMSDナンバーと○番艦の不一致です。このうち、○番艦の方は上記の0083設定と同じであると考えられるため、上記の表にLMSDナンバーとSCV/SCVAナンバーを併記してみます。

1番艦　ペガサス　　　　　　SCV-69
2番艦　ホワイトベース　　 SCV-70　LMSD-71
3番艦　ホワイトベースJr.　SCV-71
4番艦　トロイホース　　　　SCVA-73
5番艦　グレイファントム　　　　　　　　LMSD-76
6番艦　スタリオン
7番艦　アルビオン　　　　　　　　　　　LMSD-78

　4番艦以降の法則の乱れが激しいですね(苦笑)とりあえず、ペガサスがLMSD-70、スタリオンがLMSD-77であるだろうというのがよくわかるだけでしょうか。
　ここには切り口があって、0083設定だとペガサス級4番艦以降は「改ペガサス級」と呼称されているという記述があります。ナンバリング的にも○番艦的ににも区別されていないので、事実上の外見や機能で区別されているのでしょうが、3番艦と4番艦がそれぞれホワイトベース級・準ホワイトベース級であることからも、3番艦までと4番艦以降で法則が変わっていると考えることが出来ます。となると、グレイファントムのLMSDナンバーがいきなり飛んでいる理由も見えてきます。

　とりあえず、3番艦まではホワイトベース級・ペガサス級共に一致していると考えます。赤字は推測によるものです。

1番艦　ペガサス　　　　　　SCV-69　LMSD-70
2番艦　ホワイトベース　　 SCV-70　LMSD-71
3番艦　ホワイトベースJr.　SCV-71　LMSD-72

　問題は次からですね。とりあえずSCVAナンバー順に並べてみます。

　　　　 サラブレッド　　　　SCVA-72　LMSD-73
4番艦　トロイホース　　　 SCVA-73　LMSD-74
　　　　 名称不明　　　　　 SCVA-74　LMSD-75
5番艦　グレイファントム　　　　　　　　 LMSD-76
6番艦　スタリオン　　　　　　　　　　　 　LMSD-77
7番艦　アルビオン　　　　　　　　　　　 LMSD-78

　実はこれで物凄く綺麗に揃うんですよ。ブランリヴァルを無視すれば。
　LMSDナンバーに一つでも余裕があればそこにブランリヴァルをぶち込めるんですが、これは難しい。SCV-73という番号があるために、名称不明の準ホワイトベース級が実はブランリヴァルだった！という作戦も使えませんし、かといって5番艦枠はグレイファントムと競合してますし、アルビオン以降にブランリヴァルが竣工したとも到底考えられません。
　しかし光明はあります。SCVA-74が建造中止になったという設定。これを利用して「SCVAナンバーではあっても、LMSDナンバーには登録されなかった」と考えればLMSDナンバーを一つ空けられます。

1番艦　ペガサス　　　　　　SCV-69　LMSD-70　※WB級2番艦
2番艦　ホワイトベース　　 SCV-70　LMSD-71　※WB級1番艦
3番艦　ホワイトベースJr.　SCV-71　LMSD-72　※WB級3番艦
　　　　 サラブレッド　　　　SCVA-72　LMSD-73　※準WB級1番艦
4番艦　トロイホース　　　 SCVA-73　LMSD-74　※準WB級2番艦
　 　　　 名称不明　　　　　SCVA-74　　　　　　 　※準WB級3番艦
　　　　　名称不明　　 　　 　SCV-72　　　　　　　　※WB級4番艦
　　　　　ブランリヴァル　　　SCV-73　LMSD-75　※WB級5番艦
5番艦　グレイファントム　　　　　　　　 LMSD-76
6番艦　スタリオン　　　　　　　　　　　 　LMSD-77
7番艦　アルビオン　　　　　　　　　　　 LMSD-78

　どうよ！これで完璧！ちゃんとLMSDナンバーが計画順っぽくなってるし！SCV-72もLMSDナンバーを充てないと考えれば、これも建造中止ってことになるかと。
　アルビオン＝SCVA-75説を採る場合、SCVA-74がスタリオンの位置に移動して一つずれるイメージでしょうかね。
　ちなみにブランリヴァルがペガサス級5番艦だったら、戦時中ペガサス級と戦後ペガサス級で区別するしかないですね。どうしてそうなったか…うーん、ブランリヴァルは戦後沈んだんじゃないですかねぇ（適当）。

　ただこの解釈だと、ペガサス級強襲揚陸艦＝LMSDという図式が崩れてしまうんですね。LMSDの中の何隻かが、制式にペガサス級と認定されていたということになってしまう。でもLMSDナンバーとペガサス級○番艦が合わない以上、そう考えるしかないです。むしろLMSDナンバーは、SCV/SCVAを統一するナンバーとして存続していたのかもしれません。WB級+準WB級＝LMSDということです。
　まぁ、LMSD＝ペガサス級と明言している資料なんて存在しないんですし、あまり気にしない方がいいのでしょう。それよりLMSDもナンバーが何故70から始まってるのかっての方が問題ですな。

　また、LMSDの中でペガサス級認定された基準はどこにあるのかという疑問も残ります。サラブレッドとブランリヴァルは、どちらも実戦投入されている艦ですし…。ペガサス級という呼称自体戦後につけられたもので、サラブレッドとブランリヴァルは戦後退役あるいは撃沈した、と考えるのが一番簡単ではありますが。ペガサス級という単語を使っているMSVコレクションファイルやMS WARSは、戦後の資料だから戦後の呼称を使っていたということで。

※追記
　MSCナンバーが戦後設定されたものであるなら、戦時中に沈没しているホワイトベースは省かれている可能性があります。その場合、サラブレッドかブランリヴァルがペガサス級に入っているのかもしれません。
　ただ、最も有名なホワイトベースが、沈んだからといって登録抹消までされるのかどうか、そのあたりは自分には良く分かりません。