ペガサス級の設定はMSVハンドブックには掲載されていないので、MSVの原典はたぶんポケット百科のMSVということになります。が、それ以前のアニメ設定がどうなっているかを少しピックアップして見ます。

「連邦軍の新造戦艦。多目的宇宙空母ともなりうる。モビルスーツ戦略の一環となるモビルスーツの運搬・支援戦闘指揮を目指して建造された。大気圏突入能力を有し、地上ではミノフスキー粒子を応用した一種の反重力推進により航行する」（ラポート・機動戦士ガンダム大事典）

「連邦軍が新たに開発した多目的宇宙空母で、南米のジャブロー基地で建造されたプロトタイプ（試作品）である。大気圏突入・離脱できる能力を有する」（徳間書店・ロマンアルバムエキストラ４２機動戦士ガンダム）

「多目的宇宙空母ともなりうる連邦軍の新造戦艦。RXタイプのモビルスーツとの連携を前提に設計されている。そのままの形状で、大気圏離脱、突入が可能で、地上ではミノフスキー・クラフトの使用により、浮上、飛行する」（講談社ポケットカード８機動戦士ガンダム）

「従来の宇宙戦艦の概念を根本的に覆す最新鋭戦艦。通称「木馬」。自軍の宇宙基地を破壊され、制宙権を奪われた場合に備えて、地上基地での整備補給が可能なように大気圏突入能力を有する。（中略）ペガサス級の一番艦「ホワイト・ベース」は連邦軍唯一のニュータイプ実戦部隊として活躍した。ジオン大戦末期にはこのホワイト・ベースを始めとする三隻が投入され、他にも五隻が完成していた。このペガサス級の実用性は極めて高く、大戦後の宇宙戦艦の設計には多大な影響を与えた」（ガンダム・センチュリー）

　…というわけで、当時の設定では「空母としても使える戦艦」という認識だったようです。ペガサス級という単語はセンチュリー発なのかな？ホワイトベースが何故大気圏突入・離脱能力を持つのかという答えもすでにセンチュリーにありましたね…。

　では次、MSV。ポケット百科の記述は長いので箇条書きにします。
・戦前、連邦軍は対艦巨砲主義に傾いていて空母を開発していなかったが、ジオンの軍備増強から宇宙空母を開発するSCV-X計画が立案された。
・当初の計画ではセイバーフィッシュを艦載機とする開放型の母艦であったが、それを含めた複数の計画が消えていった
・最終的に、後のホワイトベースを生むSCV-27A計画が実行された。ジオンのMSの活躍から、艦載機は戦闘機からMSに変更された。
・完成したのが「ホワイトベース級宇宙攻撃空母」で、MSの搭載が決まったためにV作戦の中核を担うことになった。
・ホワイトベース級宇宙攻撃空母一番艦がホワイトベース（SCV-70）。
・ホワイトベースはジャブローAブロック一号ドックで建造され、同時に四号、五号ドックで二番艦・三番艦が建造されている。
・ホワイトベースの同型艦は三隻、準同型艦も三隻（うち一隻は未完成）建造された。
・ホワイトベース級二番艦がペガサス（SCV-69）。本来一番艦になる予定だったが、完成が遅れた。
・ホワイトベース級三番艦がホワイトベースJr.（SCV-71）。終戦直前に竣工し、一番艦と同じ乗員によりホワイトベース二世として就役している。
・準ホワイトベース級は、ハンガーデッキを大型化し、エンジンユニットを艦尾に集中させたタイプ。
・準ホワイトベース級一番艦はサラブレッド（SCVA-72）。
・準ホワイトベース級二番艦はトロイホース（SCVA-73）。
・上記の２隻は工期を大幅に短縮して竣工し、星一号作戦では物資輸送などに従事した。実戦参加記録はない。
・準ホワイトベース級三番艦（SCVA-74）は４０％まで完成している段階で建造中止となり、ホワイトベースの修理用に流用された。

　　意外と知られてない？のがホワイトベース二世がホワイトベースの乗員により運用されていることですね。小説版の設定を使っているんでしょうけど、アニメ設定で考えると、終戦後に凱旋パフォーマンス用に使われてたのかもしれませんね。
　次は模型情報５８号。ポケット百科と全く同じ表現の部分は省略します。

・ホワイトベース級は正規空母として計画され建造された初めての艦。
・計画立案当時はSCV-Xのコードで呼ばれ、艦種は宇宙空母だった。
・幾度かの設計変更の末、SCV-27計画として議会の承認を得た。
・議会を説得するために、一時艦種を艦載機多数の戦艦としていて、艦載機はセイバーフィッシュ１２機だった。
・ホワイトベース級３隻の建造が始まったのは開戦前年。
・開戦後にMSの母艦として設計変更され、SCV-27計画はV作戦と統合された。艦種もRXモビルスーツ用強襲揚陸艦に変更された。
・一番艦が就役する際に、艦種は宇宙攻撃空母と変更された。
・就役が早かったホワイトベースが一番艦とされたのは古来の慣習から。
・四番艦以降は設計変更が行われたため、人によってはサラブレッド級とも呼ぶが、連邦軍の年鑑では新しい艦種には分類されていないため、準ホワイトベース級と呼ぶのが正しい。
・準ホワイトベース級三隻は全て外観と運用方法が異なる。
・準ホワイトベース級は主砲とビーム砲を廃し、搭載数を戦闘機１２機・MS１８機としている。
・準ホワイトベース級三番艦は３７％で解体された。
・戦時中に艦隊配備されたのはホワイトベース、ペガサス、サラブレッドの３隻。トロイホース、ホワイトベースJrは終戦時に慣熟訓練中だった。
・ホワイトベース級の搭載数は戦闘機１０機、MS６機。

　艦種は空母（初期計画時）→戦艦（議会通過時）→空母（建造開始時）→強襲揚陸艦（V作戦統合時）→空母（完成時）なんですね（笑）複数の形式番号を肯定するヒントはここにありそうな気がします。例えばセンチュリーの「ペガサス級」「戦艦」という説明は議会に説明したときの資料であると考えられますよね。この時点ではどの艦も完成していないから、最初に登録されているペガサスがネームシップとして扱われていても問題ないわけです。
　しかし準ホワイトベース級が主砲も装備していない純粋な空母であるというのは、今のサラブレッドの設定を考えるときついものがありますな。

　では後付け設定。まずはEBのメカニック大図鑑です。
・ホワイトベース：MSの運用を中心として設計された連邦軍の新造戦艦。
・トロイホース（現グレイファントム）：ペガサス級の強襲揚陸艦。ペガサス級では試作運用艦で数々の試みがなされているため、同型艦のホワイトベースとは形状がかなり異なる。

　強襲揚陸艦は「ペガサス級」、宇宙攻撃空母は「ホワイトベース級」でOK？ホワイトベース級強襲揚陸艦って表現を使ってる資料はあるのかな。

　次は講談社「MS WARS 機動戦士ガンダム００８３」。アルビオンの設定が一番細かい資料です（自分の知る限り）。講談社なだけあって、かなりの部分をMSV設定から引用していますが、あくまで「ペガサス級強襲揚陸艦」として解説しています。
・古来の慣習によりホワイトベース級と呼ばれることもある（が、正式にはペガサス級であるというニュアンス）。
・４番艦以降は「改ペガサス級」と呼称される
・改ペガサス級４番艦はトロイホース、５番艦はグレイファントム、６，７番艦は艦名未定。
・戦時中に艦隊配備されたのはホワイトベース、ペガサス、グレイファントムのみ。
・６番艦と７番艦は終戦後に建造が中止され、ジャブローに放置されていたが、００８１年１０月の議会で可決された連邦軍再建計画によって再び着工、６番艦スタリオン、７番艦アルビオンが完成した。

　次はデータコレクション・一年戦争外伝。トロイホースの記述はEBの完全流用です。以下アルビオンの記述。
・ペガサス級７番艦として建造された強襲揚陸艦。MS運用を前提とした宇宙空母であり、新型ガンダム開発計画発足と同時に建造された試作ガンダムの母艦でもある。

　ここでまた「強襲揚陸艦であり空母でもある」という曖昧な記述が…。

　最後に、MSVコレクションファイル。新しい形式番号を捏造してくれた素晴らしい資料です（皮肉）。

○アルビオン（LMSD-78）
　本来ペガサス級強襲揚陸艦は宇宙空母（SCV)として計画され、対議会工作のために宇宙戦艦（SBB）へ一時的に呼称変更を行っていた。その後「ザクショック」の影響を受けて設計の変更が行われ、新たにMS搭載強襲揚陸艦（LMSD)として建造が開始されたという。この紆余曲折が、本級の艦種表記の混乱原因であることは間違いない。

○ホワイトベース（LMSD-71）
　特記すべき解説なし。

○グレイファントム（LMSD-76）
　グレイファントムは、ペガサス級５番艦として就役した艦である。本級は、計画順では１番艦がペガサス、２番艦がホワイトベースの順で竣工するはずだった。だが機関部に問題が発生、設計変更を余儀なくされた。しかし１番艦はすでに起工しているため作業の手間がかかり、結果として２番艦の方が先に就役してしまったのである。この機関部の問題は実はホワイトベースに至っても解決されておらず、作戦行動中に機関出力が大きく低下するという事態を引き起こしてしまった。このため４番艦からは、機関部の設計を全面的に変更、こうして艦の印象が、大きく変わったのである。本艦は大戦を生き延びるものの、後の紛争で戦没してしまった。

　MSV設定を全肯定しつつ後付け設定を組み込もうという意欲が非常に感じられる文章ですね（笑）。しかしファースト劇中でたびたび起こっていたホワイトベースの故障を、ペガサスより先に竣工した理由や４番艦以降の外観が大きく異なる理由に使うというのはなかなか見事。


　この後、ゲーム等でいくらかペガサス級が増えました。以下の通り。
・ペガサス級５番艦ブランリヴァル（SCV-73）：ガンダム・ザ・ライド及びジオニックフロント
・「ホワイトベースの準同型艦」であるサラブレッド（SCVA-72）：宇宙、閃光の果てに…→戦後はペガサス級に統一されたとされる。また、ファーストにおいてジャブローでホワイトベースの隣にあった同型艦がこれであるとされた。
・ペガサス級三番艦：スピリッツオブジオン

　そんなこんなのペガサス級ですが、結局のところ「ホワイトベース級宇宙攻撃空母（SCV）」「準ホワイトベース級宇宙攻撃空母（SCVA）」「ペガサス級戦艦（SBB）」「ペガサス級強襲揚陸艦（LMSD）」というのを厳密に区別した上での考察が必要となると言えます。これについては、長くなったのでまた今度（汗）。

　で、他に戦後に統一されたとされるペガサス級（強襲揚陸攻撃空母？）のナンバー（MSC）があるようなんですが、これって何の資料にあるんでしょうかねぇ。一応、アルビオンがMSC-07ってのだけは確定してるみたいで、プラモやゲームでもこの設定が使われているみたいなんですが…。